Este programa, que se inició en el año 2000 y que en la actualidad beneficia a poblaciones indígenas pertenecientes a las comunas de Panguipulli, Lanco, San José de la Mariquina, Futrono, La Unión, Valdivia y Lago Ranco, tiene por objetivo mejorar la situación de salud y medio ambiente del pueblo indígena, además de mejorar la calidad de la atención, el acceso y la participación en los planes de Salud.

Durante el período 2003 se benefició a una población estimada de 26.100 personas y se destinaron M$ 26.137.- para mejorar la gestión de Salud de los equipos comunales, fortalecer el trabajo comunitario y la articulación intersectorial, capacitar y sensibilizar a los equipos de salud en el tema intercultural, y promover la comunicación social y difusión de las actividades que se desarrollan en el marco de este programa.